Peter Kanis, der später seinen Namen in Petrus Canisius latinisierte, wurde am 8.Mai 1521 - als Sohn einer reichen angesehen Patrizierfamilie - in Nimwegen (Niederlande) geboren. Der Geburtsort lag damals in der Diözese Köln und somit im Heiligen Römischen Reich Deutscher Nation. Der Geburtstag war der Tag, an dem über Martin Luther in Worms die Reichsacht verhängt wurde.
Nach dem Besuch der Lateinschule ging er Ende 1535 zum Studium - unter anderem Jura und Kirchenrecht – nach Köln. Am 25.Februar 1540 legt er ein Zölibatsgelübde ab und begann mit dem Theologiestudium. Anfang 1543 lernte Canisius, Peter Faber (1506-1546), den Mitbegründer der Gesellschaft Jesu, kennen. Er war von ihm, den er später als seinen zweiten Vater bezeichnete, so beeindruckt, dass er an seinem 22. Geburtstag, als achtes Mitglied bei den wenigen Jahre zuvor gegründeten Jesuiten (Gesellschaft Jesu), als erster Deutscher, eintritt. Canisius verwendet sein Erbteil dazu, um in Köln die erste deutsche Jesuitenniederlassung zu gründen und deren Lebensunterhalt zu sichern.
Am 4.September 1549 leistete er in Rom, vor dem Begründer Ignatius von Loyola, seine feierlichen Professgelübde. Im Oktober 1549, in Bologna zum Doktor promoviert, wird er 1550 Rektor der Hochschule in Ingolstadt und später in Wien. Die ihm angetragene Würde, des Bischofs von Wien, lehnte er ab, um weiter in ganz Europa lehren zu können. Durch den Augsburger Bischof Otto Kardinal Truchseß von Walsburg wird er als theologischer Vertreter zum Trienter Konzil (1545-63) entsendet. 1557 nahm Canisius auf Befehl Kaiser Ferdinands I., am Wormser Religionsgespräch teil, wo der Humanist Philipp Melanchthon (1497-1560) die protestantische Seite vertrat. Petrus Canisius verwandte, einen beträchtlichen Teil seines Lebens mit Reisen, um seiner apostolischen Tätigkeit für das Wohl der Kirche nachzukommen.
Aufträge von Papst, Kaiser und Bischöfen sowie seiner Ordensoberen führten ihn in kirchediplomatischer Funktion durch Deutschland, Österreich, Böhmen und in die Schweiz, aber auch nach Holland, Belgien, Italien und Polen.
Ein Schwerpunkt im Leben des Canisius, bildet die schrift-stellerische Tätigkeit. So entstand der „Canisi“ als Synonym für die drei Katechismen, die bis ins 19.Jh., als Lehrbücher des Glaubens und Anleitung zum christlichen Leben ihre Gültigkeit behalten haben. Die Schriftstellerei diente - wie das Predigen, aber auch das weitere Streben in seinem übrigen Leben - ausschließlich der religiösen Belehrung des Volkes, der Förderung der theologischen Wissenschaft, der Verteidigung der katholischen Lehre und Seelsorge.
Die letzten Jahre seines Lebens verbrachte Canisius in Freiburg in der Schweiz, wohin er 1580 versetzt worden war, um ein Jesuitenkolleg zu gründen. Er starb dort nach längerer Krankheit am 21.Dezember 1597 und ist in der Fribourger Universitätskirche St. Michael beigesetzt.
1869 wurde er selig und am 21.Mai 1925 von Pius XI. heilig gesprochen und wegen seiner Verdienste als Schriftsteller zum Kirchenlehrer ernannt. Leo XIII. bezeichnete ihn (1897) als den „Zweiten Apostel Deutschlands“ Damit wurde ein Mann geehrt, der unermüdlich der katholischen Kirche gedient und die Einheit der Christen gesucht hat.
Sein Gedenktag ist (vom 21. Dezember verlegt) in Deutschland der 27. April. Der Heilige ist Schutzpatron der kath. Schulorganisation in Deutschland sowie Landespatron von Innsbruck / Österreich. Zu den Attributen des Heiligen zählen der Totenschädel, das Kruzifix und der Katechismus.